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vector nti是一款非常專業的軟件，對各類生物元素分析，在序列對比、蛋白質研究、基因分析等方面也是可以使用的，通過掌控數據參數的方式讓分子不斷進化，從而對未來的生物數據進行預測和判斷分析。

vector nti軟件

vector nti軟件安裝說明

程序安裝結束后會在安裝目錄下生成兩個文件夾，invitrigen和vector NTI。將補丁文件拷貝到invitrigen文件夾下面，運行補丁程序。

vector nti軟件教程

一、Vector NTI

作為Vector NTI Suite 的核心組成部分，它可以在各種分子生物學研究項目的全過程中提供數據組織、編輯和分析支持。

（一）對分子序列的操作

我們以一個DNA 序列為例，進行一系列的常規分析；最后將此DNA 序列翻譯成氨基酸序列，并對此氨基酸序列進行各種分析。

A，DNA 序列為豬生長激素的cDNA序列，長為761bp。首先使用Vector NTI 的Create New 命

令將此序列導入到Vector NTI 的數據庫中：

1，第一種方法：如果只知道序列時，點擊Molecule 才菜單中的Create New——Using Sequence Editor（DNA/RNA……）；

2，在出現的“New DNA/RNA Molecule”對話框中，首先在General 填入導入序列的名稱——PGH；

3，在DNA/RNA Molecule 活頁中，選中Linear DNA，Animal/other Eukaryotes，Replicon Type 中選Chromosome；

4，Description 中填入：S.Scrofa Growth hormone mRNA;

5，在Sequence and Maps 中點擊“Edit Sequence”按鈕，將DNA 序列復制后，點“Paste”按鈕-點“OK”－確認后就可以完成序列導入。

B，如果是一個從GenBank上下載的序列文件，則：點擊“Molecule” 菜單-Open-Molecule files 命令，找到序列文件，在File format 中選中GenBank Files；點擊OK。

（二）常規操作：

當序列導入完成后，在桌面出現三個窗口，上左側的窗口中顯示的是該序列的常規信息，上右側窗口則以圖形的格式展示序列的特征區及酶切圖譜等。下面一個窗口顯示的是序列：默認狀態下以雙鏈形式出現，也可以更改為單鏈顯示。

1．選擇序列區域：在圖形區域或序列區域直接拖動鼠標左鍵，同時在最下端的狀態欄中顯示

出所選區域的范圍。

2．刪除：選中后直接點擊鍵盤上的Delete 鍵，確認后即可刪除。

3．選中序列片段后，點擊Edit 菜單，用其中的命令可以完成對此片段的剪切、復制、刪除、定義為新的特征區和用其它序列來代替等。

4．當點在其一特定位置時，我們也可以在此位置插入新的序列：Edit – New – Insert Sequence as

5．當希望序列顯示單鏈時，點擊View – Show Both Strands

（三）常規分析：

1．設計PCR Sequence Primer, Hybridization, Probes：

選中設計引物的模板區或點擊Analyze 中的相應命令即可。

需要注意的是，在設計前，首先得將序列存入數據庫中，具體設計由于我們推薦使用Oligo，所

以此處不詳述。

2．序列基本信息分析：

選中序列區段后，選Analyze –Oligo Analysis, 在Oligo Analysis 對話框中，點擊Analyze 按鈕，即可得到分子量、GC 含量、Tm 值、3‘端的自由能、回文結構及重復序列等基本信息。

3．酶切圖譜分析

點擊Analyze 菜單中Restriction Sites 命令，出現“Restriction Map Setup”對話框，點擊Add按鈕，填入需要分析的位點，不需要的位點夜可以選中后點Remove 按鈕移除。為了顯示正確，我們可以設定超過一定位點數量的酶不顯示，可以限定分析的區域等。點擊OK 后程序自動完成酶切分析。

4．Motif 查找

點擊Analyze 菜單中的Motifs 命令，在出現的Motifs Setup 對話框中我們可以添加新的Oligo 或從Oligo Database 和Oligo List 中選取；選中后點擊OK 按鈕，程序完成Motif 的查找，同時給出相似性的百分比。

5．ORF 查找

點擊Analyze 菜單中的ORF 命令，在出現的ORF Setup 對話框中，填入ORF 的最小長度（多少個密碼子）以及其它一些設定后點擊OK，程序自動完成ORF 的查找。

6．翻譯

翻譯前選中一個ORF 或一個區域，這里我們希望把pGHcDNA基因完全翻譯成蛋白質，因此選中最長的一個ORF（7－657bp）。點擊Analyze 菜單中的Translate 命令中的“Into New Protein”-“Direct Strand”,在出現的“New Protein Molecule”對話框中給出新蛋白質的名稱后點擊確定，程序完成翻譯并打開一個新的窗口，顯示氨基酸序列。

7．反翻譯

選中氨基酸序列片斷，點擊Analyze 菜單中的BackTranslate命令，確認是“整個序列”還是“僅為選中的序列”后，即可設定簡并度及組織特異性來完成反翻譯。

（三）模擬電泳：

模擬電泳是指對DNA 片段進行酶切分析后，通過電腦模擬電泳過程，將酶切片段分離。該功能

有利于評估電泳時間，便于驗證實際電泳結果的好壞。

1．點擊Gel 菜單– Create New 命令：出現Gel Setup 對話框，首先選擇電泳介質的類型－“Agarose Gel”，以及膠的濃度、電壓、膠長和Buffer 種類。

2．點擊OK 后即打開一個電泳界面，左側是對電泳情況的描述，右側則為膠板。

3．首先配置一個Marker：點Gel 菜單– Create Gel Marker, 出現New Gel Marker 對話框, 首先輸入Marker 的名稱：pGH-Marker，在Gel Marker 活頁中輸入自己設定的片段，100，200，300，400，500，600，1000bp,點擊確定。

4．樣品制備：點Gel 菜單– Create Gel Sample 命令出現Create Gel Sample 對話框，選擇來源分子SSPGH，選中AvaI和SmaI兩個酶，輸入Sample 的名稱SSPGH- AS。此時我們可以把酶切的片段直接加入到膠上，也可以加入到樣品列表中或保存為Marker，我們點擊Add to Gel，則在膠上出現1 號樣品。

5．點Marker 到膠中：點擊第二行工具欄中的Add Marker Lane 圖標，出現Choose Database Gel Marker 對話框，選中pGH - Marker，點擊OK，則Marker 出現在2 道

6．電泳：用鼠標點擊右側窗口激活膠板，點擊第二欄工具欄中的雙箭頭，開始電泳，同時在旁邊顯示電泳時間，再次點擊雙箭頭，電泳停止。

7．計算兩條帶分開時間：選中沒有分開的條帶，點工具欄中的計算器Calculate Seperation Time，即可得到所需信息。

8．導出膠圖：激活膠板，點擊工具欄中的Camera 工具,出現Camera 對話框,選中需要導出的選項，結果可以到剪貼板，也可以保存成文件。到剪貼板后就可以在Word 等文檔編輯器中粘貼。

vector nti軟件功能

對齊顯示設置——Consensus Calculation Tab

一致性序列是一個理論上有代表性的核苷酸序列，其中每個核苷酸代表在同一位點上在同一位點上經常看到的殘基，或由其他標準選擇。“對齊設置”對話框中的“一致性計算”選項卡指定如何以對齊方式計算對齊窗格中作為底部序列的一致序列。

模擬電泳

模擬電泳是指對DNA片段進行酶切分析后，通過電腦模擬電泳過程，將酶切片段分離。該功能有利于評估電泳時間，便于驗證實際電泳結果的好壞。

分析GenomBench

genombench是Vector NTI提前的基因組項目的主力。genombench可以容納一個堿基的基因組片段，可以檢索從兼容的系統兼容的服務器上的數據，例如UCSC和Ensembl。它提供了瀏覽和查詢這些網站使用關鍵詞，界面兩側標記，BLAT(UCSC數據庫)或SSAHA(的)。genombench還提供以下先進的搜索和分析工具，它是運行在分析監控

以點擊作為特征輸出查詢分子

當您導出查詢顯示為特征的分子打成。GFF文件，使用點擊功能GFF文件命令導出查詢分子保存。GFF文件到外部位置(硬盤、軟盤、網絡等)。你可以打開一個。在一個Vector NTI分子視窗GFF文件并將其保存到Vector NTI數據庫，如果需要的話。。GFF文件提供一個共享查詢爆破方法打信息與其他Vector NTI用戶分子格式。

對分子序列的操作

我們以一個DNA序列為例，進行一系列的常規分析;最后將此DNA序列翻譯成氨基酸序列，并對此氨基酸序列進行各種分析。